Chronický zápal podnebných mandlí vzniká najčastejšie po neliečených, zle liečených alebo opakovaných angínach. Po prekonaní akútneho zápalu vznikajú v mandliach jazvovité zmeny. V priestoroch medzi jazvami sa vytvára priaznivé prostredie na prežívanie mikróbov, a tým stále pretrvávajúceho zápalového procesu.
Organizmus nie je schopný tento proces potlačiť, lebo jazvy v tkanive mandle znemožňujú prístup imunitných buniek do miest pretrvávajúceho zápalu. Dôsledkom týchto štrukturálnych zmien dochádza k zmenám prirodzenej funkcie podnebnej mandle. Jazvami zmenená mandľa stráca svoje pôvodné schopnosti zachytávať a zneškodňovať choroboplodné zárodky z vonkajšieho prostredia a sama sa môže stať infekčným ložiskom, tzv. fokusom s dlhodobým pôsobením na organizmus. Zmenená štruktúra podnebnej mandle spôsobuje vytváranie tzv. čapov. Čapy sú drobné, belavé hrudky, ktoré sú výsledkom hromadenia zvyškov potravy, slín, odlúpených častí mandle a baktérií v kryptách podnebnej mandle. Prejavujú sa bielymi bodkami, ktoré sú viditeľné na povrchu mandle. Bývajú príčinou zápachu z úst. Chronický zápal podnebných mandlí sa môže prejavovať celkovými a miestnymi ťažkosťami. K celkovým patrí zvýšená únavnosť, znížená výkonnosť, neprospievanie, náchylnosť k opakovaných zápalovým ochoreniam horných dýchacích orgánov, zvýšená teplota, nechutenstvo. Z miestnych ťažkostí ide hlavne o opakované angíny. Inokedy sú prejavy nešpecifické, nevýrazné. Často ide o pobolievanie v krku, škriabanie v krku, pocit cudzieho telesa v krku, hlavne pri prehĺtaní. Niekedy ide o pocit zatekania hlienov do hrdla, pokašliavanie. Ľudia s chronickým zápalom podnebných mandlí horšie tolerujú studené a bublinkové nápoje, dýchanie cez ústa pri telesnej námahe. Okrem miestnych ťažkostí môže dlhodobý zápal podnebných mandlí spôsobiť ochorenia iných orgánov. Vtedy sa chronicky zapálená mandľa stáva zdrojom mikrobiálnej infekcie, ktorá sa z takto zmenenej mandle rozosieva do celého organizmu a vytvára zápalové postihnutie iných orgánov. Iným mechanizmom poškodenia vzdialených orgánov je existencia tzv. mimikry. Mimikry vzniká na základe podobnosti niektorých štruktúr steny baktérie s tkanivami napr. srdca, kĺbov alebo obličiek. Imunitný systém sa na základe podobnosti štruktúr baktérie a tkanív tela „pomýli“ a rozvinie v týchto tkanivách zápalový proces. Ten svojím priebehom tkanivá poškodzuje, čo vedie k niektorým vážnym ochoreniam. Takto vzniká reumatická horúčka, zápaly srdcového svalu alebo jeho obalov, zápaly obličiek, zápaly kĺbov. U pacienta s podozrením na chronický zápal podnebných mandlí by mal byť vyšetrený celkový stav organizmu a mal by absolvovať vyšetrenie u ušno-nosovo-krčného lekára. Podoz renie na chronický zápal môže potvrdiť ster z podnebných mandlí na mikrobiologické vyšetrenie a odber krvi na vyšetrenie niektorých parametrov imunitného systému. Diagnóza chronického zápalu podnebných mandlí nie je vždy jednoduchá a príčinná súvislosť postihnutia vzdialených orgánov v dôsledku mikrobiálneho ložiska v mandliach sa väčšinou ťažko dokazuje. Ak sa dokáže chronický zápal v podnebných mandliach, ktorý spôsobuje pacientovi ťažkosti, indikuje sa ich odstránenie. Antibiotické liečba nie je efektívna. Odstránenie podnebných mandlí je operácia, pri ktorej sa v miestnom alebo čoraz častejšie v celkovom znecitlivení odstránia podnebné mandle. Operácia sa realizuje formou niekoľkodňovej hospitalizácie na lôžkovom oddelení. Samotná operácia nie je bolestivá. Pooperačne sa bolesti tlmia liekmi, pacientovi sa ordinuje pokoj na lôžku a kašovitá strava. Takýto režim sa dodržuje až do úplného zotavenia, t. j. asi 14 dní od operácie.